Elías tuvo importantes aportaciones en las logias sobre el laicismo en las escuelas.Rodríguez del Coro [i] dice que“por diplomas de junio, septiembre y diciembre de 1932 conocemos la pertenencia de Elías Bautista Marqués a la logia «Altuna» de San Sebastián, con el nombre simbólico de «JONATHAN», tres meses más tarde de su constitución oficial (17-1I1-1932), bajo la obediencia del Grande Oriente Español. Todos los hermanos masones, a excepción del hermano Doporto, que procedía de la logia «Marte Nº 57» de obediencia a la Gran Logia Española, los restantes -según la escueta documentación- provenían de «talleres» del Grande Oriente Español, gozando, además, de la documentación adecuada y en regla.
La aportación de Elías Marqués al pensamiento de la masonería parece estar enfocado a la educación del niño, dentro de una escuela laica. Las circunstancias de la revolución de octubre de 1834 que reaccionaban frente al fascismo hicieron que Marqués tomase posición.“El protagonismo de Marqués dentro de la «Spartaco» no sólo le tenía que enfrentar, sin duda, a los problemas políticos del momento, además de toda la problemática de sacar adelante su logia «Altuna», sino también a su Iglesia evangélica de San Sebastián, como veremos a continuación. Jugador de su destino, el secretario de la logia, Marqués -«Jonathan»-«, planteaba problemas ideológicos en el seno de las «tenidas» con competencia y preparación, sin abdicar de la absoluta obligación de cada masón, de participar en la consolidación de la logia e incrementar su influjo en la sociedad. Le suponemos activo y emprendedor en las conversaciones que los francmasones, de ambos lados de la «muga», tuvieron en 1934 entre los representantes de las logias vascas «La Zelée», «L 'étoile du Labourd», «Spartacus» y «Altuna», con las presencias y palmadas de la «Constancia n.O 15» de Zaragoza y los masones de las logias de Valladolid, en Bayona, San Sebastián y Pamplona” –dice del Coro-.
Para Elías Marqués defender una escuela laica no era contrario a una escuela sin religión ni anticristiana o antireligiosa. Era el problema de una educación ética de la infancia para que el pueblo del mañana no siguiera siendo fanático, aferrado a ridículas tradiciones, sometido a influencias denigrantes y risibles, ridiculizado por el mundo entero. La realidad moral del hombre no debía ser atacada por el entorno, por la amenaza de las hogueras, la implantación de infiernos en este mundo y el poder que administraba en exclusiva la divinidad. “Las primeras influencias que se reciben en la vida son las que imprimen huella con mayor intensidad y pervivencia, son las que dejan en la conciencia infantil como unas marcas que perduran indelebles a través de todas las edades, son como un sedimento que yace para siempre en lo subconsciente y que se resuelve y sale a la superficie a la menor agitación de las pasiones ”-decía Elias Marqués -.
Por eso era necesario “el laicismo en la escuela”, para que tanto los que quieren perpetuar una clase política, una religión o una cultura como los que quieren destruir la esencia del hombre que es su espíritu religioso. “Otro grupo -el más numeroso- acata la ley o cree acatarla, suprimiendo en la escuela la enseñanza del catecismo; pero dejando que el medio que rodea al escolar, los libros de que se sirve la enseñanza misma de otras materias quede impregnada de dogmatismo que ha de coartar sus iniciativas y ha de hacer estériles los acertados propósitos del legislador. Cumplen la letra de la ley, pero faltan a su espíritu”. “Otros han confundido el laicismo con la antirreligiosidad y no sólo han suprimido, como debieran, toda enseñanza dogmática, sino que se esfuerzan por inculcar en los niños el odio a todo lo que significa religión. A algunos de estos maestros les lleva de buena fe a comportarse de tal guisa un concepto equivocado del laicismo. Otros lo hacen por ganarse prosélitos para sus ideales políticos y sociales. Tampoco cumplen con la misión que el Estado y la Sociedad les ha confiado, puesto que fuerzan las conciencias del niño y las llevan por cauces determinados».
El pastor y masón Elías, de la misma manera que Atilano Coco también fue condenado por ser masón y no tanto por se protestante, aunque en su expediente figuraba un extenso trabajo sobre Las dos banderas, donde Marqués se extendía en consideraciones sobre «otro trabajo» de un tal QUIÑONES, quien afirmaba que la existencia de Jesucristo en la tierra no podía admitirse más que en hipótesis, a lo que Elías Bautista Marqués se oponía con citas para demostrar su existencia, “aunque dejando a un lado su misterioso nacimiento”.
El «Tribunal de Represión contra la Masonería y el Comunismo» promulgaba sentencia contra el pastor de la Iglesia evangélica de San Sebastián y su secretario, a su vez, de la logia «Altuna», Elías Bautista Marqués Fernández, el 5 de mayo de 1943.
1. CONSIDERANDO: Que los hechos que se declaran probados son constitutivos del delito de Masonería previsto en los artículos 1?, 4? y 9? de la ley de 1? de marzo de 1940, por cuanto el procesado ingresó en la secta, desempeñó cargos, obtuvo el grado tercero, no consta su baja y no ha presentado la retractación ordenada por la ley.
2. CONSIDERANDO: Que de tal delito es responsable el procesado en concepto de autor yen grado de consumación.
3. CONSIDERANDO: Que en la comisión del delito no son de apreciar circunstancias modificativas de la responsabilidad criminal y procede imponer la menor de las penas de las que señala el artículo 5º de la ley, pero en su grado medio, teniendo en cuenta las circunstancias especiales que concurren en el encartado.
4. CONSIDERANDO: Lo que en cuanto a responsabilidades comunes preceptúa el artículo 8º de la ley 1ª de marzo de 1940, en su relación con la de 9 de febrero de 1939.
VISTOS los preceptos mencionados en esta sentencia y los generales de corriente aplicación de la supletoria ley de enjuiciamiento criminal y código penal.
FALLAMOS ... : Que debemos condenar y condenamos al procesado rebelde Ellas B. MARQUEZ FERNANDEZ, como autor de un delito consumado de Masonería, sin la concurrencia de circunstancias modificativas de la responsabilidad criminal, a la pena de DIECISEIS AÑOS DE RECLUSION MENOR y accesorias de inhabilitación absoluta perpetua para el ejercicio de cualquier cargo del Estado, Corporaciones públicas u Oficiales, Entidades subvencionadas, Empresas concesionarias, Gerencias y Consejos de administración de empresas privadas, así como cargos de confianza, mando y dirección de los mismos, separándole definitivamente de los aludidos cargos…
A ese Tribunal no se le escapaba nada y en su expediente aparecían indirectamente las aportaciones de su condición de pastor. Se mencionaba su identificación con el “Comité de Propaganda evangélica ” contrarios a la nueva política y con el “Proyecto de Manifiesto al Pueblo Español” del que subrayaban: “ Nuestra fe descansa, no sobre la pretendida infalibilidad de papas, sino sobre la Persona de Cristo, el Hijo de Dios y Salvador de los hombres. El es la Palabra viviente de Dios,' así como las Sagradas Escrituras son la palabra escrita. Ambas forman una suficiente y perfecta revelación del carácter divino y de la redención que de él brota. El libre examen con que nos acercamos a esta revelación no es arbitrariedad ni capricho, sino santo anhelo de que nada ni nadie se interponga entre ella y nosotros”. Los pequeños triunfos del protestantismo volvían a ser combatidos y silenciados. Elías Marqués tendría que huir a paradero desconocido, mientras el Ministerio de la Gobernación decretaba su busca y captura. Como Elías otros muchos tendrían que hacer lo mismo.
Para resumir este andar paralelo y la mutua ayuda entre masonería y protestantismo nada mejor que este párrafo del “Dossier Histórico de la Logia Altuna 15", firmado por Izeta, Hirusta y Perico y cuya última edición es del año 2005: “Sabemos que la Logia Altuna se reunía en la Villa Evangélica en el Alto de Miraconcha, San Sebastián, residencia de Marqués. En el expediente de éste vemos además que el alquiler del local que le pagaba la Logia era de 100 pesetas mensuales, "incluído el fluido eléctrico". Dato relativo a setiembre del 34. Desde agosto del 34 la Villa Evangélica recibía la correspondencia de la Logia Altuna”.
Apunta también Cristóbal Robles[ii] que “había una simpatía entre masones y protestantes, aunque no querían que los confundieran. Dos miembros de la congregación de Bilbao, Elías Marqués y Antonio Díaz eran masones. José Marqués, padre del primero, dirigió una Logia. En carta de Wayne H. Wobers desde Woodstock (Virginia) 25 de febrero de 1932, dirigida a Dionisio Mangada, ambos pastores evangélicos en Bilbao en la cale San Francisco 28, se matiza mejor esta idea de cordialidad de ambas organizaciones. Dice Wobers que parece arriesgado el que vayamos en esta forma identificándonos con aquella organización. Es cierto que hoy por hoy no hay que temer nada. Pero demasiado sabemos que para los católicos la masonería es anatema o peor; y en el caso remoto, pero posible, de un cambio de régimen y de una revolución saldríamos perjudicados.”
No se engañó mucho Wobers, porque como dirá años después del 36, en 1958, Juan Antonio Monroy en su ensayo “ Defensa de los protestantes españoles ”, los pastores eran apolíticos, no eran antipatriotas, ni tampoco podían comulgar con un sistema ateo, aunque adoptasen una posición abierta frente al Comunismo y tampoco eran masones.
